En France, la maladie du colza qui nécessite la plus grande vigilance est le sclérotinia. Mais d’autres maladies peuvent aussi être nuisibles à la culture. C’est notamment le cas du phoma, de la cylindrosporiose et de l’oïdium.
Après le sclérotinia, le phoma est l’une des maladies les plus fréquentes du colza. Ce champignon se manifeste sur les feuilles à l’automne par des taches, ou « macules », gris cendré avec des points noirs, les pycnides. A la sortie de l’hiver, des nécroses peuvent apparaître sur le collet des jeunes pieds, et fragiliser la tige, voire la sectionner. En cas de verse importante de la culture, les pertes de rendement peuvent atteindre jusqu’à 10 q/ha.
Le phoma est moins préjudiciable à la culture qu’il y a une quinzaine d’années, car la génétique a apporté des solutions et il existe aujourd’hui de nombreuses variétés « TPS », très peu sensibles, au phoma. La résistance des variétés repose sur deux types de mécanismes, la résistance quantitative, et la présence de gènes de résistances spécifiques comme les Rlm3, Rlm7 ou RlmS. Il est conseillé d’alterner dans la rotation ces deux types de résistance pour éviter que des souches du champignon contournent la résistance variétale. Il est aussi judicieux de semer le colza un peu plus clair, environ 35 pieds/m² afin de ne pas créer de microclimat favorable au développement du champignon.
On repère la cylindrosporiose sur les feuilles, à l’automne, à ses taches décolorées vert clair qui deviennent ensuite beiges à fauves et, au printemps, aux taches de couleur blanc gris farineux à l’aspect liégeux. Présente surtout dans la moitié nord de la France, lors d’automne ou de printemps pluvieux, elle peut se développer sur tiges et siliques et provoquer des pertes de rendement jusqu’à 8 q/ha. Certaines variétés sont résistantes à la cylindrosporiose. Si la maladie est présente à partir de la montaison, il est conseillé de coupler la protection contre la cylindrosporiose et le sclérotinia, pour éviter qu’elle atteigne les siliques. On retiendra pour cela un fongicide efficace contre les deux maladies.
L’oïdium, qui se caractérise par un feutrage blanc étoilé, apparaît d'abord sur les feuilles, parfois dès l'automne, avant de migrer sur les tiges et les siliques. Présent en général dans le sud de la France, l’oïdium se manifeste aussi dans le nord, en cas d’hiver et de printemps secs. Le champignon est favorisé par des températures élevées (20 à 30°C). Il peut être contrôlé par l’application d’un fongicide mais la lutte contre l’oïdium ne doit pas être systématique sauf dans le sud-est.
L’alternaria se manifeste d’abord sur feuilles et sur tiges par de petites taches noires qui se regroupent pour former des taches plus allongées. Elle est surtout nuisible lorsqu’elle se développe sur siliques, toujours sous forme de taches noires, qui peuvent se rejoindre en plages plus grandes et provoquer l’éclatement de la silique. Les alternances de périodes chaudes et humides et de périodes sèches sont très favorables au développement du champignon. La protection contre le sclérotinia suffit dans une majorité de situations pour limiter la progression de l’alternaria sur les siliques. Terres Inovia estime cependant que, sur la façade Atlantique et la côte de la Manche, un traitement spécifique contre l’alternaria peut se justifier.
Mycosphaerella apparaît sur les feuilles, sous la forme de taches grises plus ou moins foncées ponctuées de points noirs, les périthèces. La maladie est favorisée par des conditions douces et humides au printemps. En présence du champignon dans une parcelle, il est vivement conseillé d’enfouir les résidus de cultures afin de réduire la pression de l’inoculum. Un fongicide qui agit à la fois contre le sclérotinia et mycosphaerella suffit en général pour limiter la progression de la maladie sur siliques. Sur la façade Atlantique, un traitement spécifique contre les maladies des siliques peut s’avérer nécessaire.
Le mildiou se reconnaît à ses petites taches jaunes irrégulières qui foncent par la suite sur la face supérieure de la feuille et ses fructifications blanches sur la face inférieure de la feuille. Il peut apparaître dès la levée et se manifester tout au long du cycle de la culture. Il peut surtout provoquer des fontes de semis, ou fragiliser la plante à la levée. Les semis précoces permettent d’éviter son développement.
Le pseudocercosporella, qui apparaît lors d’automne et de printemps doux et pluvieux dans des parcelles où le colza revient souvent, est surtout nuisible lorsqu'il gagne les siliques. La protection contre le sclérotinia suffit en général à limiter le phénomène.
Moins fréquente, la hernie se développe dans les sols limoneux à pH faible ou acide, et peu ou pas dans les sols calcaires. Si le sol est acide, il est conseillé de réaliser un chaulage après la récolte du colza, d’allonger les rotations et d’utiliser une variété tolérante.